Pondok pesantren diakui sebagai sistem lembaga pendidikan yang memiliki akar sejarah panjang di Indonesia. Dengan ciri-cirinya yang khas, keberadaan pesantren hingga dewasa ini masih tetap berdiri kokoh ditengah-tengah masyarakat. Hal ini terbukti bahwa pondok pesantren sekarang ini masih menampakan keaslian, kebinekaan, dan kemandirianya walaupun usianya setua proses islamisasi di negeri ini. Lebih dari itu pondok pesantren mampu memperhatikan dinamika perkembangan baik secara kuantitatif maupun kualitatif.
Kondisi obyektif menunjukan bahwa mayoritas penduduk Indonesia adalah penganut agama Islam, oleh karena itu pendidikan dan pengajaran ilmu-ilmu keislaman merupakan bagian yang tidak bisa terpisahkan dalam kehidupan mayoritas bangsa ini sebagai wahana pengembangan kualitas hidup keberagamaanya.disinilah posisi pondok pesantren sangat setrategis untuk kebutuhan tersebut.
Ma’had ‘Aly dalam konteks kepesantrenan di Indonesia bisa digolongkan wacana baru. Ma’had ‘Aly ini sebagai bentuk perwujudan dari kesadaran para ahli pendidikan agama, khususnya yang memperhatikan masalah pesantren mengenai perlunya penanganan pendidikan secara optimal agar dapat menghasilkan alumni yang profesional dan proaktif terhadap peluang dan tantangan.
Mengantisipasi hal tersebut, maka beberapa pertemuan telah dilaksanakan dengan melibatkan Kementrian Agama , para Ulama’/Kyai dan beberapa pihak baik secara kelembagaan maupun perseorangan dalam rangka melahirkan suatu wadah studi lebih lanjut bagi para santri. Dari pertemuan tersebut diperoleh kesepakatan bahwa lembaga yang lebih tepat sebagai wadah studi lanjut tersebut adalah Ma’had ‘Aly.
Ma’had ‘Aly sebagaimana dimaksud diatas berupaya menjadi pusat pengkajian dan pengembangan ilmu-ilmu keislaman yang tetap memelihara ciri-ciri kepesantrenannya dalam menyiapkan peserta didik menjadi anggota dan panutan masyarakat yang memiliki kualifikasi keilmuan agama Islam serta memiliki komitmen dengan keilmuannya tersebut.
Untuk tujuan tersebut, pondok pesantren Sunan Drajat, segera menyesuaikan dengan kebutuhan dalam mencetak generasi penerus Ulama’. Hal ini menjadikan Yayasan Pondok Pesantren Sunan Drajat mendirikan Ma’had ‘Aly pada tanggal 17 Ramadhan 1428 H bertepatan dengan hari sabtu, 29 September 2007. Pendirian Ma’had ‘Aly ini dilakukan oleh KH. Abdul Ghofur selaku pengasuh dan disaksikan oleh Dr H.Ainur Rofiq, M.Ag. mewakili Bapak Dr.H.Amin Haidari selaku Derektur Kepesantrenan Kementrian Agama RI dan saksikan oleh Prof. Dr. H.Imam Suprayogo dan selanjutya disusunlah Visi Misi, Orientasi,Tujuan, Fungsi dan Kurikulum.
